Observer l’évolution de la résistance aux insecticides au Burkina Faso 

Ce blog a été publié à l’origine par MalariaGEN. 

La résistance des moustiques aux insecticides est l’un des défis les plus urgents à relever dans le cadre de la lutte contre le vecteur du paludisme, et la surveillance génomique a un rôle important à jouer à cet égard. Nous avons rencontré Mahamadi Kientega lors de la conférence annuelle de la PAMCA pour discuter de ses recherches au Burkina Faso. 

« Avec le paludisme, les choses changent constamment et c’est un défi. Nous devons relever ce défi. C’est très important pour moi. 

Mahamadi Kientega sait clairement ce qui motive sa recherche doctorale. Il se trouvait dans la capitale éthiopienne pour assister à la conférence annuelle de l’Association panafricaine de lutte contre les moustiques (PAMCA) afin de présenter ses travaux sur les moustiques de l’ouest du Burkina Faso 

Faisant partie d’une jeune équipe enthousiaste dirigée par le professeur Abdoulaye Diabaté, Mahamadi est basé à l’Institut de recherche en sciences de la santé (IRSS) dans la ville de Bobo-Dioulasso, dans le cadre de Target Malaria Burkina Faso. Les recherches de l’équipe portent sur la manière dont les outils génomiques de pointe peuvent contribuer à la lutte contre le paludisme dans les pays de première ligne comme le Burkina Faso. 

Les travaux récents de M. Mahamadi portent sur l’évolution dans le temps des variations génétiques à l’origine de la résistance aux insecticides dans les populations de moustiques Anopheles gambiae. Il s’agit d’un travail urgent qui pourrait avoir des répercussions dans le monde réel. « Nous pouvons utiliser ces résultats pour conseiller nos autorités sur l’opportunité de passer d’un outil à un autre », explique-t-il. 

_{Mahamadi Kientega fait une présentation lors de la 9e conférence annuelle de la PAMCA à Addis-Abeba, en Éthiopie.}

Observer l’émergence de la résistance 

Mahamadi a utilisé les données de séquences de génomes entiers du projet Ag1000G de MalariaGEN provenant de trois villages de l’ouest du Burkina Faso. Il a étudié trois espèces distinctes du complexe Anopheles gambiae, un groupe d’espèces de moustiques étroitement apparentées, responsables de la majorité des décès dus au paludisme en Afrique. Dans les génomes de ces moustiques, différents types de mutations ont été étudiés sur différents gènes, tous connus pour être liés à la résistance aux insecticides. 

La conclusion est que les moustiques du Burkina Faso qui propagent le paludisme deviennent rapidement immunisés contre les produits chimiques qui les tuaient auparavant. Il s’agit notamment des pyréthrinoïdes utilisés avec succès dans les moustiquaires depuis de nombreuses années, mais aussi de méthodes plus récentes telles que les pulvérisations à base de pirimphos-méthyle utilisées pour recouvrir les surfaces à l’intérieur des bâtiments. 

Mahamadi a examiné des données génomiques sur une période de cinq ans, à partir d’échantillons collectés entre 2012 et 2017 dans le cadre de l’initiative Target Malaria, qui vise à mettre au point des interventions de guidage génétique sur les moustiques vecteurs du paludisme. Cet ensemble de données lui a permis de voir comment des variantes résistantes aux insecticides sont apparues au fil du temps. Certaines variantes génétiques étaient déjà présentes, apparaissant dans la plupart des moustiques dès le début de la série de données. D’autres étaient prolifiques chez une espèce de moustique, mais pas chez une autre. D’autres variantes ont explosé au cours de la période couverte par l’étude. Par exemple, la fréquence d’une variante liée à la résistance aux organophosphates est passée de 15 % des échantillons à plus de 65 % en 2017. Dans un cas, une mutation existante liée à la résistance aux pyréthrinoïdes semble avoir été remplacée par une nouvelle double mutation. 

_{Mahamadi participe au hackathon PAMCA-MalariaGEN. Crédit : PAMCA/2023}

Il s’agit là d’un exemple clair de la manière dont la surveillance génomique pourrait être utilisée pour signaler les changements génétiques – et donc les menaces potentielles – dès leur apparition. Il montre également que le tableau génomique qui sous-tend la résistance aux insecticides est incroyablement complexe. Il est essentiel de comprendre cette complexité pour soutenir les décisions locales de lutte contre le paludisme, où le choix des insecticides utilisés diffère en fonction de l’espèce de moustique, du lieu, de l’écologie et d’autres facteurs. 

Apprendre sur le terrain 

Mahamadi tient à participer à tous les aspects de la recherche. « Je ne veux pas être dans un bureau du matin au soir », explique-t-il. « Je veux être sur le terrain, dans un laboratoire, pour apprendre la biologie des moustiques. 

Cet instinct n’est pas simplement une préférence pour le plein air. « La chose intéressante que j’ai apprise sur le terrain, c’est que lorsque les gens travaillent sur le terrain, ils comprennent le problème du paludisme, le comportement des vecteurs, la façon dont les moustiques se reproduisent. Si vous vous contentez de lire ce que les gens publient, il y a parfois des choses que vous ne pouvez pas comprendre. 

Parmi les exemples qu’il donne, on peut citer la collecte et le transport de larves de moustiques. « En 2017, au début de la saison des pluies, nous étions en train de collecter des larves dans le nord du pays. Et il faisait chaud, environ 35 degrés. Si vous essayez d’emmener les larves à Bobo [où l’IRSS est basé dans l’ouest], c’est loin, environ 400 kilomètres. Parfois, il faut passer la nuit à Ouagadougou [la capitale], puis se rendre au laboratoire ». 

L’équipe a trouvé une solution en entourant de glace les bouteilles dans lesquelles les larves étaient conservées. Le papier de soie a permis de fixer la glace et de réguler la température de leur précieuse cargaison. 

Du projet scolaire au doctorat 

Comment Mahamadi a-t-il commencé son voyage vers la génomique du paludisme ? Comme c’est le cas pour de nombreuses passions de toute une vie, cela a commencé par une leçon particulière à l’école. 

« Au cours de ma deuxième année d’études secondaires, une enseignante nous a demandé de faire un travail de groupe. Elle nous a donné des sujets, nous a demandé de trouver des informations et de les présenter. J’ai fait partie d’un groupe qui travaillait sur la trypanosomiase (maladie du sommeil). Il y avait aussi un groupe qui travaillait sur le paludisme et sur l’onchocercose (cécité des rivières). J’ai trouvé très intéressant d’obtenir ces informations sur le fardeau, la mortalité et la manière de gérer les vecteurs et les parasites. Je savais que ce domaine m’intéresserait » 

Depuis, Mahamadi étudie les parasites mortels. Au cours de son master en parasitologie médicale, un professeur a raconté aux étudiants comment il parcourait le Burkina Faso pour collecter des moustiques. Cela a plu à Mahamadi, qui a rapidement axé ses études sur le paludisme. 

_{Participants à la réunion PAMCA-MalariaGEN de cette année avec des PNLP de toute l’Afrique. Crédit : PAMCA/2023.}

Il continue de saisir les occasions d’affiner ses compétences scientifiques. En 2022, Mahamadi a participé au projet pilote de formation à l’analyse de données de PAMCA et MalariaGEN, qui comprenait une série de huit ateliers et a depuis donné lieu à deux événements de hackathon en personne. Cela correspondait bien au projet de recherche de Mahamadi. 

« Dans le cadre de mon doctorat, nous disposions d’un grand ensemble de données et mon directeur de thèse a suggéré que nous les analysions pour trouver des résultats intéressants. Je connaissais un peu [le langage de programmation] Python et cela m’a aidé à travailler avec les données. La formation à PAMCA et MalariaGEN m’a également aidé à accéder aux données, à les analyser, à créer des graphiques et à les communiquer dans un rapport. 

« Mon rêve à long terme est de réaliser ce type d’analyses ici au Burkina Faso. Nous devons développer nos capacités. Et si nous apprenons quelque chose, nous devons l’apporter dans notre pays et former nos jeunes, afin que nous puissions continuer à travailler ensemble pour mettre fin au paludisme. »