Utilisation de codes-barres d’ADN dans la lutte anti-paludique

Les chercheurs Target Malaria à l’Université du Ghana ont collaboré avec leurs collègues de l’Université d’Oxford et du Centre for Biodiversity Genomics de l’Université de Guelph, au Canada, dans le cadre d’un projet de recherche novateur visant à étudier les implications écologiques de la réduction des populations d’Anopheles gambiae. Comme ces moustiques sont les principaux vecteurs du paludisme en Afrique, Target Malaria concentre sa recherche sur des outils qui permettent de réduire le nombre de ces espèces afin de ralentir la transmission du paludisme. Pour que ces études puissent avancer sur le terrain, il est crucial de bien comprendre quel rôle ces espèces jouent dans l’écosystème, pour que la réduction anticipée de leurs populations n’ait pas de conséquences inacceptables pour les communautés environnantes de la faune et de la flore.

Dans cet objectif, les chercheurs de l’Université du Ghana ont recueilli des données sur le terrain qui conduiront un jour à la création d’un « réseau écologique », à savoir une carte des interactions entre les différents organismes de l’écosystème et An. gambiae. Cela permettra de comprendre le rôle écosystémique de ces espèces de moustiques et de modéliser précisément la façon dont les interactions actuelles évolueraient si leur nombre venait à diminuer ou à être perturbé..  

La première étape indispensable à ce projet est la création d’une bibliothèque de codes-barres d’ADN, qui attribue une séquence de référence d’ADN unique aux échantillons capturés dans l’écosystème, ce qui permettra aux chercheurs de les répertorier et de les organiser. Des échantillons ont été capturés pendant un an dans deux villages de la région Volta du Ghana. Les équipes Target Malaria ont travaillé en étroite collaboration avec les habitants des villages pour mettre au point différents moyens de les capturer. Au préalable, toutes les méthodes et le nombre d’échantillons visé ont été approuvés par les comités d’éthique de l’Université du Ghana et de l’Université d’Oxford pour s’assurer de l’absence d’impacts durables sur les végétaux et les animaux des communautés d’étude.

Une fois les échantillons capturés et répertoriés, les chercheurs utilisent la bibliothèque de codes-barres d’ADN pour identifier les espèces qui partagent leurs habitats avec An. gambiae, ou les prédateurs du moustique, comme les oiseaux, les chauves-souris et d’autres insectes. De plus, les espèces hôtes sur lesquelles les moustiques ont pris leur repas peuvent également être identifiées en analysant le contenu des viscères de moustiques. Ces données nous aident à cartographier le réseau écologique local, à détailler toutes les espèces figurant dans l’écosystème et à voir de quelle manière elles sont reliées. Les chercheurs peuvent ainsi faire la démonstration quantitative des liens entre An. gambiae et les autres espèces de l’écosystème.

Le projet de recherche écologique au Ghana est une collaboration internationale entre l’Université d’Oxford, le Centre for Biodiversity Genomics (CBG) à l’Université de Guelph et Target Malaria. Avec le soutien du Prof. Paul D. N. Hebert, Directeur du CBG, et du Dr. Michelle L. D’Souza, des échantillons de notre centre de recherche au Ghana ont commencé à arriver sur les grandes plateformes de séquençage du centre canadien, où 3000 insectes ont été traités à ce jour.

Toutes les données de ce projet seront largement publiées. Si certains aspects de l’écologie d’An. gambiae sont bien étudiés, le projet de recherche au Ghana nous fournira un tableau plus détaillé des interactions écologiques de cette espèce. Selon le Dr. Talya D. Hackett, de l’Université d’Oxford, la bibliothèque de codes-barres d’ADN que Target Malaria est en train de constituer, et le réseau écologique au sens large, sont « probablement parmi les plus grands – sinon les plus grands – qui aient été constitués à ce jour dans le monde ». Bien que ces données soient recueillies par les équipes du projet afin d’élucider une question spécifique, cela crée en même temps une mine de renseignements pour toute la communauté scientifique et pour d’autres personnes au Ghana et en Afrique de l’Ouest.

Le travail de Target Malaria pour révéler les interactions entre espèces est un thème clé du programme de recherche mondial BIOSCAN, dont le projet fait partie, et qui vise à révolutionner notre connaissance de la biodiversité et ce que l’on sait des moyens de la gérer. Sous la direction de l’International Barcode of Life Consortium, BIOSCAN a défini trois thèmes de recherche : Découverte d’espèces, Interactions entre espèces et Dynamique des espèces. Les données recueillies par Target Malaria contribueront significativement au thème BIOSCAN des Interactions entre espèces.

To read more about this project and our work in Ghana, visit: https://ibol.org/barcodebulletin/